Cómo extraer datos pareados desde archivos SRA

Descargar SRA toolkit desde NCBI

Usar fastq-dum --split-3

Si el experimento es single-end, sólo se generará 1 fastq, si es paired-end, se generarán 2 o 3 archivos .fastq.

fuente: http://vinaykmittal.blogspot.com/2012/02/how-to-extract-paired-end-reads-from.html