Cómo extraer datos pareados desde archivos SRA

Descargar SRA toolkit desde NCBI

Usar fastq-dum --split-3

Si el experimento es single-end, sólo se generará 1 fastq, si es paired-end, se generarán 2 o 3 archivos .fastq.

fuente: http://vinaykmittal.blogspot.com/2012/02/how-to-extract-paired-end-reads-from.html

cambiar @INC de perl

para agregar una ruta a @INC de perl, agregar en .bachrc

export PERL5LIB=/home/cnavarro/PROGRAMAS/amos-3.1.0/lib/

fuente:

http://perlmaven.com/how-to-change-inc-to-find-perl-modules-in-non-standard-locations

Sincronizar carpetas : rsync

rsync -avg --progress usuario@ip:origen/ destino/

Buscar en mi carpeta de historiales

ejemplo: rsync


grep rsync * | awk -F ":" '{print $2 $0}' | grep ^rsync | sort | uniq


grep rsync * | sort | uniq

Encontrar archivos duplicados en linux y borrar

para revisar por duplicados:

fdupes -rHS DIR/

para borrar sin preguntar:

fdupes -rHSdN DIR/

VIM: Eliminar subsecuentes lineas duplicadas

:g/^\(.*\)\(\r\?\n\1\)\+$/d

o bien

:%!uniq

y para borrar lineas en blanco:

:g/^\s*$/d

thunderbird falla por plugin

Si thunderbird me falla porque le instalé un plugin nuevo...ejecutar por línea de comando:

$thunderbird -safe-mode

y eliminar así el plugin.
Excelente. ;-)